Un nouveau papier auquel Thibault Stalder, membre de notre UMR 1092 RESINFIT a participé, est accessible en ligne. Il s’intitule « Precision of Hi-C-Based Metagenome-Assembled Genome Reconstruction across Binning Pipelines ».

Extrait de l’abstract (traduit de l’anglais) : « Les approches de capture de la conformation chromosomique (3C), telles que Hi-C, sont de plus en plus utilisées pour reconstruire des génomes assemblés à partir de métagénomes (MAG) issus de communautés microbiennes complexes, mais la précision du binning basé sur Hi-C n’a pas encore fait l’objet d’études systématiques. Nous avons évalué la précision de la reconstruction des MAG par Hi-C en mettant en œuvre trois pipelines de binning métagénomique — ProxiMeta (basé sur la méthode MCMC), Bin3C (Infomap) et MetaTOR (détection de communautés de Louvain) — afin de déconvoluer les MAG à partir de multiples réplicats de bibliothèques Hi-C provenant d’un échantillon d’eaux usées. […] »

Cette publication est disponible dans Computational and Structural Biotechnology Reports, une revue en libre accès consacrée à la diffusion de travaux de recherche scientifiquement rigoureux à la croisée de la biologie computationnelle, de la biologie structurale, de la biologie des systèmes, de l’informatique biomédicale, de la nanotechnologie et de la biophysique.

• Accéder à la publication « Precision of Hi-C-Based Metagenome-Assembled Genome Reconstruction across Binning Pipelines«