Thèse de Etienne HERAULT

Contexte : Le monde scientifique axé sur la génomique travail de plus en plus avec des méthodes de séquençage de 2ème voir de 3ème génération. Cette thèse fait le point sur l’étude Epidémiologique du Toxoplasme et essaye de comparer la méthode génétique des marqueurs microsatellites à la méthode de génotypage complet.

Problématique : Cette thèse fait le point sur l’étude Epidémiologique du Toxoplasme et essaye de comparer la méthode génétique des marqueurs microsatellites à la méthode de génotypage complet.

Objectif : Evaluer la pertinence des marqueurs microsatellites face aux nouveaux outils de séquençage de génome complet.

Méthode : Comparaison de génotypage en NGS vs génétiques en microsatellites sur diverses souches, dans différentes situations.

Résultats attendus : Ces méthodes sont différentes et nous nous attendons avoir des résultats plus complets lors du séquençage complet … mais nous ne savons pas à l’heure actuelle si celui ci est pertinent dans l’étude Epidémiologique de Toxoplasma gondii ou si les informations supplémentaires collectées ne servent que dans d’autres domaines.

Mots clés : Toxoplasma gondii, Génotypage complet, NGS, Génétique, Microsatellites, Epidémiologie moléculaire