Contrat doctoral 2017

L’infection par Toxoplasma gondii est une zoonose ubiquitaire à l’épidémiologie complexe. Elle peut toucher l’ensemble des espèces homéothermes par plusieurs voies de transmission. La contamination s’effectue principalement par voie orale : soit par ingestion d’oocystes excrétés dans l’environnement par les félidés (hôtes définitifs), soit par consommation de tissus contaminés par des kystes. Chez l’homme, l’infection concernerait un quart de la population mondiale. Elle est généralement bénigne chez l’immunocompétent, néanmoins des formes graves, cérébrales ou viscérales, et des atteintes oculaires ont été décrites. Cette variabilité clinique serait liée à l’état immunitaire du patient, mais aussi à des déterminants génétiques de virulence de la souche responsable de l’infection. Au cours des 20 dernières années, une distribution géographique particulière de la diversité génétique dans les populations de ce parasite, dont les déterminants restent à comprendre, a été mise en évidence à travers le monde. Cette structure spatiale se caractérise par une diversité beaucoup plus importante en Amérique du Sud associée à des souches à l’origine de manifestations cliniques plus sévères voire létales en comparaison avec l’Europe et l’Amérique du Nord.
La diversité génétique du toxoplasme en Asie et en Afrique demeure très peu explorée. Cependant le peu de données disponibles sur cette parasitose en Afrique de l’Ouest et Centrale suggère une prévalence humaine et animale élevée et une sévérité inhabituelle de l’infection toxoplasmique chez l’homme. Des études montrent une relation entre le génotype infectant et les manifestations cliniques, en particulier en Amérique du Sud. Dans un monde globalisé, comprendre comment la diversité génétique du pathogène se structure et évolue s’impose comme une thématique émergente dans l’étude de l’épidémiologie de la toxoplasmose. Le rôle de facteurs anthropiques dans l’évolution de cette diversité a été montré dans le cadre de travaux de recherche préliminaires de l’équipe. Une étude menée en Guyane française montre que l’anthropisation d’un milieu aboutit à une modification de la diversité génétique locale du toxoplasme. Elle met en évidence la possibilité d’introgressions de souches sauvages (plus virulentes pour l’homme) dans l’environnement anthropisé, entrainant des risques potentiels en santé humaine.
À une échelle intercontinentale, des cas de toxoplasmose sévère, inhabituelle chez l’immunocompétent en Europe, ont été identifiés en France métropolitaine suite à la consommation de viandes de cheval importées depuis le continent américain. La globalisation des échanges semble provoquer des situations à risque encore peu explorées et qui constituent des défis nouveaux en santé humaine et animale. La circulation des hôtes qu’elle soit naturelle (migration aviaire), ou anthropique (transport de produits carnés, de végétaux souillés d’oocystes, introduction d’animaux vivants tels que les chats ou les rongeurs) pourrait être source d’introduction de génotypes du toxoplasme potentiellement plus virulent et d’échanges génétiques accrus entre population d’un continent à l’autre. Ces hypothèses évoquées dans la littérature scientifique restent à démontrer.

Ce projet de thèse apportera des éléments utiles et indispensables à la compréhension de l’éco-épidémiologie de la toxoplasmose dans les différentes régions d’étude (prévalence, identification de réservoirs, circulation du parasite dans l’environnement, facteurs de risque). Dans la mesure du possible, ce travail tendra vers une meilleure appréciation des risques en santé humaine pour les régions d’étude, et ce par la confrontation des données collectées aux données génétiques et cliniques disponibles pour les cas de toxoplasmose chez l’homme.

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Expérience souhaitée/profil

Le ou la candidat(e) doit avoir suivi un cursus universitaire dans les sciences de la vie (ex : biologie des organismes), avoir de bonne connaissances en génétique des populations et plus largement en écologie. Des compétences en épidémiologie, parasitologie, biologie moléculaire seraient également appréciées. Il ou elle doit avoir un niveau d’anglais correct et posséder un intérêt particulier pour le milieu tropical, le travail de terrain et une curiosité pour la zoologie (comportement animal, diversité des espèces).