Pôle Microscopie


Localisée au sein du Centre de Biologie et de Recherche en Santé, la plateforme de microscopie en fluorescence de BISCEm est ouverte à l’ensemble des laboratoires de l’université de Limoges ainsi qu’aux structures extérieures, qu’elles soient publiques ou privées.

Elle met à disposition des utilisateurs des systèmes de microscopie de fluorescence et d’analyse d’images en utilisation libre ou assistée par l’ingénieur de la plateforme :

  • 1 microscope confocal
  • 1 macroscope confocal
  • 1 microscope plein champ
  • 1 logiciel de déconvolution
  • des logiciels d’analyse d’image

N’hésitez pas à prendre contact avec la plateforme pour plus d’information sur les conditions d’utilisation et les possibilités d’analyses que nous pouvons vous offrir.

Claire CARRION

Ingénieure d'Etudes, Responsable technique

Marie-Odile JAUBERTEAU

PU-PH, Référente Scientifique

Equipement :

Microscope droit motorisé en x,y et z, 4 objectifs (x4/x20/x40/x100), 5 cubes fluorescents (Dapi/FITC/TRITC/Texas Red/Cyanine5), 1 camera couleur, 1 camera noir et blanc (Fluo) , une platine motorisée 8 lames.

Logiciel NIS Elements AR avec module JOBS.

Types d’échantillons :

Cellules fixées entre lame et lamelle.

Applications :
  • Acquisitions en couleur et en fluorescence

    • Mosaïques d’images (reconstitution de coupes de tissus)
    • Choix aléatoire de champs
  • Acquisitions en z

  • Acquisitions automatisées possible de :

    • Plusieurs lames
    • Plusieurs champs / lame
    • Plusieurs fluorescences
    • Plusieurs mosaïques / lame
    • …..
  • ELISPOT

Illustrations :

UMR 7276

Coupe de rate de souris

Bleu : cellules B / Rouge : zone folliculaire / Jaune : centres germinatifs / 

EA7500 Peirene – USC 1061

Coupe de muscle squelettique

Typage de fibres musculaires

Bleu : type I / Vert : type IIb / Rouge : type IIa

UMR 7276

FISH 3D

Bleu : noyau / Vert et Rouge : sonde IgL et IgH

Equipement :

Microscope inversé motorisé en x,y et z,

5 objectifs (x10, x20, x40, x63, x100)

6 raies laser 405/458/488/514/561/633,

1 détecteur spectral, 1 chambre d’incubation régulée en T° et CO2.

Types d’échantillons :

Coupes de tissus, cellules vivantes ou fixées, animales, végétales, biofilms bactériens, matériaux.

Applications :
  • Acquisitions 2D résolu dans un plan

    • Acquisitions en 3D, 4D (3D+temps)

    • Mosaïques d’images en 2D et 3D

    • Imagerie spectrale (acquisitions jusqu’à 8 signaux fluorescents simultanément, identification des signaux d’autofluorescence)

    • Etude de colocalisation de marqueurs

    • FRET par imagerie spectrale ou extinction de l’accepteur.

Illustrations :

GRESE

Boues de station d’épuration  en 3D

Vert : bactéries vivantes / Rouge : bactéries mortes / Bleu : autofluorescence

EA6309

Astrocytes en culture.

Bleu : le noyau / Rouge : la « glial fibrillary acidic protein » (GFAP) / Vert : la vimentine

UMR7276

Coupe de rate de souris

Vert : chaine J GFP / Rouge : Lymphocytes B activés / Bleu : zone folliculaire

PEIRENE

Autofluorescence, coupe de duramen, pin de Douglas

Fluorescence émise entre 405nm et 700nm (chaque image de la galerie correspond à l’émission de lumière émise sur une bande passante de 10nm). L’échantillon a été excité successivement à 405nm, 488nm, 561nm et 633nm.

Equipement :

Macroscope droit motorisé en x,y et z, grossissements x1 à x32. Filtres Dapi/FITC/ TRITC/Cy5. Camera noir et blanc, module confocal (CREST),

Logiciel NIS Elements AR.

Types d’échantillons :

Petits modèles animaux (poisson zèbre, fourmi…), plantules, racines, coupes épaisse de tissus, céramiques…

(gros échantillons)

Applications :
  • Acquisitions 2D résolu dans un plan

  • Acquisitions en 3D

  • Mosaïques d’images en 2D et 3D

Illustrations :

PEIRENE

Racine de tomate, Apex

EA 3842/ICER

Cellules pré-ostéoblastiques murines marquées pour l’actine (rouge) et le noyau (bleu) cultivées sur pastille de céramique phosphocalcique fabriquée par microstéréolithographie.

ECOLE DE MICROSCOPIE DU BOIS 2018

Boiserie en chêne et échantillon de bois

Déconvolution des images : Logiciel Huygens

Applications
  • Evaluation de la colocalisation entre sondes.

  • Calcul de distances entre les sondes

  • Calcul de distance entre les sondes et le bord du noyau

Illustration :

Logiciel d’analyse d’images : Logiciels Volocity, NiS-Elements AR, Image J

Applications
  • Calcul d’aires

  • Calcul de volumes

  • Comptage d’objets (noyaux…)

  • Calcul de distances

  • Calcul de vitesse

  • Quantification de fluorescence

  • Etc

Illustration :

UMR1092

Analyse du contenu en lipides, protéines, ADN externe, polysaccharides, sucres entre différents biofilms.

Membre des sociétés

Implication dans la formation

Club utilisateurs Analyse d’images

Cours en M2 Bio-Santé de l’Université de Limoges

Encadrement stagiaire M2

Participation à la diffusion de la culture scientifique (Fête de la Science, Atelier scientifique, Présentation des métiers de la recherche)

Workshop Microscopie du Bois 2018 (GDR3544 « Sciences du bois »)