Métabarcoding & Biodiversité


Tous les écosystèmes du monde sont affectés par le changement climatique et les activités humaines. Une nouvelle méthode d’analyse de la biodiversité a été publiée par YOCCOZ et al., 2012 dans Molecular Ecology. D’après ces auteurs, cette méthode doit permettre de mieux évaluer l’impact sur le vivant de des changements climatiques, afin d’en préciser la menace. Cette méthode est appelée « Métabarcoding » est basée sur le séquençage à haut débit de courts fragments d’ADN (<100 bp). L’avantage de cette méthode est à la fois de pouvoir passer un grand nombre d’échantillons, mais également de pouvoir travailler avec des échantillons d’ADN partiellement dégradé. C’est la profondeur du séqueçage qui va permettre d’alors d’être suffisamment informative pour l’identification des individus. Dans cet article les auteurs ont sur de la litière provenant de 8 communauté végétale boréale issues soit de prairie soit de lande. Après avoir amplifié le matériel biologique avec des couples d’amorces spécifiques (amorces se fixant sur le gène plastidial, la boucle P6 du gène Trnl), les produit de cette amplification ont été séquence sur un séquenceur de seconde génération le GS FLX de Roche. La diversité des plantes détectées à partir du de cette étude était compatible avec la taxonomie végétale et de la diversité forme de croissance estimée à partir d’approche classiques, permettant ainsi de valider la technologie. Deuxièmement, les auteurs ont évalué la persistance de l’ADN en utilisant des échantillons de sols autrefois cultivés dans des milieux tempérés. Ici encore les auteurs ont constaté que le nombre de séquences d’ADN récupérées variaient fortement avec les années et ceci en parfaite adéquation avec les observations déjà réalisées. Les résultats de « Métabarcoding » ouvrent des possibilités sans précédent pour études à grande échelle de la biodiversité à base d’ADN.

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