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Dernière mise à jour : 8 Février 2011
Voici une petite sélection de logiciels gratuits pour DOS, Windows et Linux :
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ChemSketch ChemBasic |
Editeur de formules en 2D et 3D. Optimisation géométrique par mécanique moléculaire. ChemBasic est un langage de programmation (de type Visual Basic) pour créer des applications basées sur ChemSketch. |
| RasMol | Visualiseur de molécules. |
| Chime | Plug-in pour Netscape ou Internet Explorer. Même principe que RasMol, avec des options supplémentaires (potentiel de lipophilie). |
| Huckel95 | Méthode de Hückel. |
| MOPAC | Calculs quantiques semi-empiriques. |
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Open Babel |
Convertisseur de fichiers de coordonnées moléculaires. |
| Tinker | Ensemble très complet de programmes pour la mécanique et la dynamique moléculaires. |
| PovChem | Permet de créer des images de molécules en 3D par la technique du "tracé de rayons" à l'aide du logiciel POV-Ray. |
| Vega | Ce programme permet de calculer un grand nombre de propriétés moléculaires (volume, lipophilie...), d'analyser des trajectoires de dynamique moléculaire et de réaliser divers traitements sur les fichiers de coordonnées. (Note : la version Windows de Vega contient une copie de MOPAC, permettant de réaliser des calculs quantiques). |
| MMTK | Molecular Modelling Toolkit (MMTK) est une extension du langage Python permettant de créer des programmes de dynamique moléculaire. MMTK requiert les extensions Numeric Python et Scientific Python |
| VMD | Visual Molecular Dynamics (VMD). Visualiseur de trajectoires de dynamique moléculaire. Le site présente en outre une très belle collection d'images et d'animations. |
| EPI Suite | Ensemble de programmes permettant de calculer diverses propriétés physiques telles que le coefficient de partage octanol/eau. |
Créez un nouveau dossier, p.ex. C:\MOL. Vous pourrez ensuite créer un sous-répertoire pour chacun des logiciels que vous installerez.
Certains logiciels (ChemSketch, Chime...) sont fournis sous forme de programmes auto-installables. Il suffit donc de les lancer et de suivre les instructions.
D'autres programmes se trouvent sous forme d'archives (fichiers .zip ou fichiers .exe auto-extractibles). Il suffit alors de décompacter chaque programme dans le sous-répertoire correspondant.
Pour les programmes fonctionnant en ligne de commande (Babel, MOPAC, Tinker...), pensez à inclure les chemins correspondants dans le PATH.
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Classification périodique des éléments. |
| Fundamental physical constants | Valeurs des principales constantes physiques dans les différents systèmes d'unités. |
| NIST Chemistry WebBook | Base de données du NIST (National Institute of Standards and Technology). Données thermochimiques, spectres IR, UV, spectres de masse... Des modèles en 3D sont disponibles pour certains produits. |
| Molecular Modeling Database (MMDB) | Protéines. |
| Klotho | Composés biochimiques. |
| Chemistry at Okanagan University College | Nombreux composés organiques, substances naturelles et quelques médicaments de synthèse. |
| MathMol | Composés carbonés simples, biomolécules, médicaments. |
| ProTherm | Base de données thermodynamiques sur les protéines. |
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